Ο Μανώλης Μπαμπούσης έχει αναπτύξει στην μακρόχρονη πορεία του ένα πολύπλευρο έργο που δεν περιορίζεται μόνο στις εικαστικές τέχνες. Το 1973 πρότεινε για την διατριβή του στην αρχιτεκτονική, μια μελέτη κατεδάφισης του ψυχιατρείου Volterra στην Ιταλία, αντί της ανέγερσης ενός νέου κτηρίου. Η δουλειά του εξερευνά θέματα γύρω από τους θεσμούς, τη μνήμη και τα μνημεία, το περιβάλλον, τον εγκλεισμό και την απώλεια. Μέσα από την φωτογραφία, τις κατασκευές, την ποίηση και το σχέδιο ο καλλιτέχνης βρίσκει τον απαραίτητο εννοιολογικό χώρο για να δημιουργήσει μια τέχνη που ανταποκρίνεται στις ανάγκες μιας άμεσης ή έμμεσης πολιτικής και κοινωνικής θέσης. Η μακρόχρονη συνεργασία με τον Γιάννη Κουνέλλη (1994-2016), δημιούργησε επίσης ένα σημαντικό φωτογραφικό έργο της πορείας του μεγάλου ιστορικού καλλιτέχνη.
Τα αντικείμενα στον αισθητικό χώρο δράσης του Μπαμπούση λειτουργούν μετωνυμικά, ενώ οι ερμηνείες τους καθορίζονται μέσα από την κατανόηση προθέσεων και υπαινιγμών που προσδιορίζονται εννοιολογικά μέσω του σχήματος θέση-αντίθεση-σύνθεση. Ο θεατής ευανάγνωστα μπορεί να διακρίνει το ενδιαφέρον και την αγάπη που διατηρεί ο καλλιτέχνης για την φύση, την αρχιτεκτονική ευρυθμία και τις ανθρώπινες σχέσεις.
Στη σειρά φωτογραφιών του με τον τίτλο «Σκελετοί» που παρουσιάστηκε πρώτη φορά στο Μουσείο Μπενάκη το 2010, ο Μπαμπούσης, εκθέτει με καυστικό τρόπο μια από τις διαχρονικές παθογένειες της ελληνικής κουλτούρας: ημιτελείς σκελετοί κτιρίων, ανόργανοι μάρτυρες μιας εις το διηνεκές βίαιης απειλής, μιας πρόχειρης και καταστροφικής ανθρώπινης επέμβασης στο περιβάλλον. Αυτά τα λείψανα της ανθρώπινης αυθαιρεσίας τα οποία υποδουλώνουν την οργανική ισορροπία του λιτού φυσικού τοπίου, αποκαλύπτουν αφενός την κοινωνική απάθεια απέναντι σε αυτήν την καταστροφή και αφετέρου την ανάγκη δημιουργίας μιας νέας οργανικής αρχιτεκτονικής. Η ισορροπία ανάμεσα στον άνθρωπο και την φύση δεν αφορά απλά το προφανές ζητούμενο αποκατάστασης της αρμονίας, αλλά επιπλέον, αρθρώνει ένα νέο πλαίσιο μέσα από το οποίο το σύνολο του κόσμου μπορεί και ανασυγκροτείται. Χαρακτηριστικό εδώ είναι το παράδειγμα του Xωρίς Tίτλο (2017) έργου του Μπαμπούση, όπου μια πέτρα παίρνει την θέση της σφραγίδας επάνω στην επιφάνεια της μελάνης. Ο καλλιτέχνης αντικαθιστά την εγκυρότητα ενός παλαιού, πολύτιμου και κλασσικού συμβόλου εξουσίας και ταυτοποίησης, με την αξιοπιστία, την ανωνυμία και την αυθεντικότητα της φύσης. Αυτή η σφραγίδα της φύσης, επανοηματοδοτεί συμβολικά το περιεχόμενο κάθε πτυχής της κοινωνικής, πολιτικής και οικονομικής ζωής, συμφιλιώνοντας οριστικά την σχέση του ανθρωπογενούς με το φυσικό περιβάλλον.